1. 试剂准备区：主要进行试剂的制备，分装和主反应混合液的制备。试剂盒用于样品制作的材料应直接运送至该区域。试剂原材料必须贮存在本区内，并在本区内制备成所需的试剂。本区主要设备有天平，冰箱，离心机，加样器，振荡器等。对于气流压力的控制，本区并没有严格的要求，一般为+10Pa

　　2. 样品制备区：主要进行样品的保存，核酸提取，贮存及其加入至扩增反应管和测定DNA的合成。本区主要设备有冰箱，生物安全柜，离心机，加样器，振荡器等。本区的压力梯度要求为：相对于邻近区域为正压，以避免从邻近区进入本区的气溶胶污染，一般为+10Pa。

　　3. 扩增区：主要进行DNA扩增。此外，已制备的DNA模板(来自样品制备区)的加入和主反应混合液(来自试剂准备区)制备成反应混合液等也可在本区内进行。本区主要设备有：扩增仪，冰箱，离心机，加样器等。本区的压力梯度要求为：相对于邻近区域为负压，以避免气溶从本区漏出一般为-25Pa。

　　4. 扩增产物分析区：扩增产物的测定。本区主要设备有酶标仪，洗板机.加样器和水浴箱等。本区的压力梯度的要求为：相对于邻近区域为负压，一般为-25Pa，以避免扩增产物从本区扩散至其它区域